一、正确把握开展二次补偿的有关条件和原则
新农合二次补偿是指利用新农合统筹基金结余，对已获得大病统筹补偿的参合农民进行的再次补偿;是针对统筹基金结余过多，在调整完善统筹补偿方案前采取的临时性调控措施，不作为常规补偿模式，不得在年初新农合基金分配时预提。当年统筹基金结余超过当年统筹基金15%(含风险基金，下同)，历年统筹基金结余超过当年统筹基金25%的情况下，可进行二次补偿。二次补偿必须坚持公开、公平、公正原则，实行“阳光操作”，主动接受社会监督。
二、明确二次补偿的对象和实施时间
二次补偿对象为当年得到大病补偿的参合农民，以获得住院补偿的参合农民为主。统筹基金结余较多的地区可以对当年所有获得大病补偿的参合农民给予二次补偿;统筹基金结余较少的地区可以对当年获得大病补偿中个人负担医疗费用超过一定额度的参合农民给予二次补偿。原则上不宜只对某些特定人群进行二次补偿。二次补偿一般应在当年内完成，最迟于下一年度1月底前完成。
三、科学制定二次补偿的方案
(一)做好基础数据的测算。要及时统计出当年得到大病补偿的参合人数、每人医疗总费用、属于新农合补偿范围内的医疗费用、已补偿医疗费用等基础数据，并合理预测到年底前将增加的住院补偿费用、特殊病种大额门诊补偿费用和返乡参合农民的医疗补偿费用等，以此计算出年内统筹基金的结余和获得大病补偿的人数，确定二次补偿的可用资金和可补偿的人群数量。
(二)合理制定二次补偿方案。要根据二次补偿可用资金量，确定二次补偿办法。要把防止基金透支作为制定二次补偿办法的基本原则。要综合考虑是否设置二次补偿起付线，但不宜设置过高。二次补偿可不另设封顶线，累计补偿金额原则上不超过当地新农合统筹补偿方案确定的封顶线。对不同级别医疗机构、不同医疗费用段可采用同样的二次补偿比，以方便操作。
(三)确定二次补偿金额的计算基数。由计算基数乘以二次补偿比即可得到每个参合农民的二次补偿的实际金额。可以将二次补偿对象的新农合可补偿医疗费用(医疗总费用减去不属于新农合补偿范围的费用)作为计算基数，也可以将二次补偿对象在新农合可补偿范围内的自付费用(医疗总费用减去不属于补偿范围的费用再减去已获得的补偿费用)作为计算基数，也可直接将已获得的补偿费用作为计算基数。具体可由各统筹地区根据当地情况确定。
四、规范二次补偿资金的发放程序
要在保证基金安全的情况下，简化二次补偿手续，方便参合农民及时获得补偿。应先由统筹地区新农合经办机构把二次补偿的人员名单和补偿金额报统筹地区财政部门，财政部门将二次补偿资金拨付统筹地区新农合经办机构。统筹地区新农合经办机构将二次补偿人员、补偿费用登记表和现金支付凭证发放给乡级新农合经办机构(人员)或定点医疗机构，通过乡级经办机构(人员)或定点医疗机构将现金支付凭证分发给获得二次补偿的农民。参合农民领取二次补偿现金支付凭证时，应在二次补偿人员及补偿费用登记表上签字。参合农民持现金支付凭证到代理金融机构领取二次补偿资金。
五、认真做好二次补偿的组织实施工作
二次补偿方案由统筹地区新农合经办机构拟定，报当地卫生行政部门审核，经当地新农合管理委员会批准后发布。二次补偿方案实施前，要将二次补偿方案、补偿人员名单和每人补偿金额同时在县、乡、村向社会公示，公示时间不得少于一周，公示期间反映的问题或意见，要认真核实和解决。同时要广泛深入地开展宣传动员工作，将二次补偿的原因、意义、目的及补偿对象、办法、程序等向广大农民讲清楚，消除误解，避免不必要的待遇攀比，保证二次补偿工作顺利开展。在宣传动员的基础上，要按照公示后的二次补偿名单和补偿金额，按规定将补偿资金及时足额发放给每位补偿对象，做到应补尽补。各级卫生行政部门要加强对二次补偿工作的监督检查力度，对优亲厚友、截留参合农民补偿资金、弄虚作假、套取新农合基金等违规、违纪行为，要认真调查、严肃处理。
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