一、项目确立
第一条 立项原则。
以增加粮、棉、油等主要农产品总量，增强农业发展后劲为主要目标;以改造中低产田，开垦宜农荒地，推广农、林、水科技成果为主要内容;对水土资源较好，潜力大、投资少、见效快和效益高的项目优先综合开发;集中资金，量力而行，开发一片，成效一片;既要讲求经济效益，又要讲求社会效益和生态效益。
第二条 立项程序。
(一)项目的层次。农业综合开发项目分为总项目、分项目、子项目3个层次。省级人民政府或国务院有关部门向国家土地开发建设基金管理领导小组(以下简称国家土地开发领导小组)承包开发的项目为总项目;地(市)、县或省级有关厅(局)向省级承包开发的项目为分项目;开发建设单位向地(市)、县承包开发的项目为子项目;
(二)项目建议书。总项目由省级人民政府组织农业、林业、水利、农业区划、土地管理、环保、农业银行等有关部门以及科研、设计单位，根据本地区水土资源、农业生产布局、农业区划等情况，在调查研究、收集资料、现场勘察、初步分析投入产出效益的基础上，经过方案比选后，向国家土地开发领导小组提出农业综合开发项目建议书。其主要内容：项目提出的背景，包括自然、社会、经济、农林水等现状;开发的必要性和可行性;建设范围、地点、规模、主要措施;综合开发和治理的工程量和工作量;所需资金估算及其来源;新增生产能力和综合效益初步分析;组织领导。省级项目建议书报国家土地开发领导小组一式10份，同时抄报国家计委、财政部、农业部、林业部、水利部、全国农业区划委员会、国家土地管理局、农业银行总行等有关部门各2份。各有关部门向国家土地开发领导小组办公室提出初审意见，办公室如集有关部门共同审查，报请国家土地开发领导小组审批;
(三)设计任务书。省级人民政府的项目建议书，经原则同意后，要依据批准的开发范围、建设规模、资金数额、工程项目(制图定位)、新增生产能力和综合效益，组织有关部门和单位编制农业开发项目设计任务书。
总项目的设计任务书，经省级人民政府或土地开发领导小组组织有关部门专家评估、论证，并将结论随同设计任务书报国家土地开发领导小组办公室。领导小组办公室会同有关部门审查，并报国家土地开发领导小组审批后，总项目正式确立。分项目、子项目的确立，由各地参照上述程序办理。分项目、子项目的扩初设计或实施方案，由上一级土地开发领导小组办公室组织有关部门审批。
国务院有关部门申请立项的项目建议书和设计任务书，报国家土地开发领导小组审批。在批准的设计任务书规模内的扩初设计或实施方案，由各主管部门审批，报国家土地开发领导小组办公室备案。
二、项目管理
第三条 计划管理。
(一)年度计划的编报和审批。编报年度计划的依据是经批准的项目设计任务书、扩初设计或实施方案。总项目的年度计划，由省级土地开发领导小组办公室和国务院有关部门，于前1年的第4季度编制，报国家土地开发领导小组办公室审查后下达。分项目、子项目的年度计划，由省级土地开发领导小组和国务院有关部门审批;
(二)年度计划的实施和检查。各级土地开发领导小组办公室和有关部门，按批准的年度计划组织实施，并经常进行监督、检查，帮助解决存在的问题。省级土地开发领导小组办公室和国务院有关部门每半年将开发建设进度上报国家土地开发领导小组办公室;
(三)年度计划的调整，应报原批准单位审批。
第四条 资金管理。
(一)按项目按进度拨(借)款。
国家土地开发领导小组办公室对省、自治区、直辖市总项目的拨(借)款，根据农业发展基金“先收后支”原则，结合当地开发工作进度、配套资金落实情况及耕地占用税和预算调节基金收交情况分期进行。省级土地开发领导小组办公室对地(市)、县分项目的拨(借)款，照此办理。有条件的地方可以实行配套资金先存后用的办法，即先把配套资金存入银行，由银行开具存款数额证明，交验后再拨(借)款。拨到县以下单位的资金，存入当地农业银行或信用社。
地(市)、县级土地开发办公室对子项目的拨(借)款，要有20%左右的工程承包费，留在工程竣工验收合格后结算补齐。有条件的地方可以实行“报帐拨(借)款”办法。实行这个办法的，可以先拨(借)一定比例的资金，具体比例由地(市)、县土地开发领导小组办公室同有关部门商定。
农业银行的专项贷款，由农业银行根据批准的项目计划，按农业银行贷款管理办法办理。有的开发项目，农业发展基金与贷款可结合安排，但不要每个具体项目都搞“拼盘”;
(二)按项目独立核算。各项目都应实行独立核算。核算每个项目的费用支出和资金、物料的收、支、结余数额。一个项目有多种资金来源的，可统一核算分别报帐。项目投资和计划供应的物资，必须专款专用、专物专用。项目建设单位应按规定编报财务会计报表，逐级汇总上报;
(三)加强财务监督检查。各级土地开发领导小组办公室和审计、财政部门以及业务主管部门，都要加强对建设单位的财务监督检查。好的经验要及时推广，对存在问题要及时研究处理。
第五条 物资管理。国家土地开发基金所需统配物资，列入国家物资供应计划。地方安排的配套资金和农业银行贷款所需物资，列入地方物资供应计划。用于土地开发的物资，任何单位和个人不得截留或挪用。
第六条 组织机构。凡国家立项开发的地区，都要设立领导小组。领导小组由政府主要领导同志任组长，计委、农委、财政、农业、水利、林业、土地管理、农业银行等有关部门领导同志参加。领导小组下设精干的办公室，办理日常工作。
三、竣工验收
第七条 竣工验收的依据和内容。按批准的设计任务书、扩初设计或实施方案，由各级土地开发领导小组组织有关单位，或授权有关部门，按照竣工验收的有关规定进行验收。验收的主要内容：
(一)基本生产条件的改善指标：扩大耕地面积，改造中低产田面积，新增排灌面积，改善排灌面积，扩大优良品种种植面积，新增防护林面积，新增农田林网面积，技术培训人次等;
(二)粮、棉、油等农产品新增生产能力;
(三)经济、社会、生态效益总的考核评价。
第八条 竣工验收的层次和要求。
(一)子项目、分项目的竣工验收，分别由地(市)、县土地开发领导小组组织有关部门验收，其上一级土地开发领导小组办公室及有关部门派员参加。专业性项目，委托上一级专业主管部门验收。国家土地开发领导小组组织有关部门对验收情况进行检查和抽查;
(二)总项目的验收。由国家土地开发领导小组组织有关部门验收。专业性项目验收由国务院有关部门办理;
(三)所在项目的竣工验收，都要有正式竣工验收报告，并报上一级主管部门批准。
四、附 则
第九条 省级土地开发领导小级可根据本办法的精神，结合当地实际情况，制定实施细则，并抄报国家土地开发领导小组办公室备案。
第十条 本办法由国家土地开发领导小组办公室负责解释，并在执行中不断完善。
第十一条 本办法自发布之日起执行。
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