与教育机构协商的工程师职称代办，要求在重庆市办理，证书下来后，不在重庆市，机构的理由是，证书软全国有效，不影响使用。

根据《中华人民共和国发证管理法》，一个中国法律问题，职称合格证受《中华人民共和国发证管理法》的管辖，其发证机关为发证当地市级以上政府，不得实施越级发证或转移管辖手续，因此要求在重庆市发证，证书下来后，必须在重庆市使用才有效。机构声称证书软全国有效，可能是引用类似新职称一级综合课相关的法律法规，但此项情况不同，必须在发证当地市使用才有效，敬请您关注。